Convert pgm to Matrix

Question

I need to convert a pgm file to a csv file with 25 rows by 25 columns.

df <- read.delim("1_1.pgm", skip =3, row.names = NULL, sep = "," ,col.names = NULL, header = FALSE, fill = TRUE)
write.csv(df, "test.csv")

I've done this but I think I have to convert it to a matrix as the above code is just a single column followed by the list of numbers so instead of having it by 25x25 it is like 625 numbers in one column.

Can anyone provide any help on how I take the text file and change it to a matrix with the 25x25?

Thanks!

Answer 1

To convert vector to matrix, you can simply use the matrix function:

matrix(data, nrow, ncol)

Depending if the data should be populated by rows instead of by columns, you can specify the parameter byrow=TRUE

In your particular case, read the file with readLines:

pgm = readLines("1_1.pgm")

For other users that do not have access to your file, here is output from dput that can be simply copypasted into R console:

pgm = c("P2", "# Created by GIMP version 2.10.22 PNM plug-in", "25 25", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "2", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "2", "2", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "2", "2", "2", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "2", "2", "255", "2", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "2", "2", "255", 
"255", "2", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "2", "255", "255", "255", "2", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "2", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "2", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "2", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "2", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "2", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "2", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "2", "2", "2", 
"2", "2", "2", "2", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", "255", 
"255", "255", "255", "255", "255", "255", "255")

The first three lines are header and can be removed, but note that:

length(pgm) # 629

but 25*25+3 is 628, so either the header consists of 4 elements, or there is another extra element at the end.

pgm = pgm[-(1:4)] # remove first 4 elements
pgm = as.numeric(pgm) # convert from character to numeric vector
pgm = matrix(pgm, 25, 25, byrow=TRUE) # populate matrix from pgm by rows

# pgm is now a matrix:
is.matrix(pgm) # TRUE
dim(pgm) # [1] 25 25